Es raro encontrar en las novelas, los ensayos, los artículos de Pío Baroja, obseso escritor antijudío, antiromano y anticatólico, algún juicio que no sea negativo sobre los jesuitas, máximos exponentes de todo lo que él emás aborrece. En su artículo Los jesuitas, escrito probablemente en los primeros años treinta, el autor de Vitrina pintoresca, que reconoce no conocer a los teólogos y moralistas jesuíticos del XVI y XVII, sino por las Provinciales de Pascal, sale en defensa de estos teólogos, ignotos para él -Escobar, Soto, Mariana, Suárez, Molina…-, a los que llama «los libertarios del tiempo, los que llevaban la crítica hasta sus últimas consecuencias«. Y resume: «La moral jesuítica y todo el jesuitismo tendía a remplazar la utopía cristiana irrealizable por un pragmatismo realista y posible«. A esto llama él «moral laxa«, que intenta hacer desaparecer «la antinomia violenta que se desprende del Evangelio entre Cristo y el mundo», vista sobre todo a la manera de Kierkegard. «Se dice –comenta don Pío– que la moral jesuítica está hecha a base de hipocresía; yo encuentro todo lo contrario: que hay en ella una tendencia a la probidad y a la claridad (…) La moral laxa de los jesuitas y el probabilismo intentan buscar al hombre tal como es, basarse en su naturaleza, no en un puritanismo fingido (…) El jesuita vio al hombre pequeño, interesado, egoista, vanidoso, y quiso hacer una moral para él. No iba a construir una ética de caballeros andantes, ni de héroes, sino una ética para las gentes que conocía por el trato y el confesionario«. Asimismo Baroja no cree que los jesuitas inventaran el principio de que el fin justifica los medios, y califica de «literatura de portería y de poco valor» todas esas historias de conspiraciones, intrigas y misterios que se les atribuye. Pondera también el valor cultural de los jesuitas historiadores y filólogos del XVIII, como Masdéu o Hervás y Panduro, pero sostiene asimismo que, «pasada esta brillante época, la cultura jesuítica se estanca», que el jesuita pierde sus líneas fuertes: «se hace blando, amadamado, cursi«. En fin, frente a los radicales españoles que han querido darles el golpe de gracia, por aquello de que a moro muerto, gran lanzada -¿la disolución de la Compañía, el año 1932?-, el autor de El árbol de la ciencia estima que esa lanzada les ha hecho acaso revivir algún tiempo. Para él, uno de «los escasos liberales» que quedan, la fórmula clásica de los fisócratas «Dejad hacer, dejad pasar» es la que acaba con todo lo que está destinado a morir, «y acabaría con los jesuitas mejor que las proscripciones».– No se le puede pedir a Baroja mucho más en este punto. Pero mira por dónde lo que él llama su liberalismo le hace salir al paso de los acusadores e inquisidores, intransigentes y zelantes, de la Compañía, así como de los zafios y violentos enemigos posteriores, y aparece, salvadas ciertas falsas interpretaciones e imprecisiones, como un defensor de una moral cristiana más humanista y anti jansenista, que hoy se entiende mucho mejor que en los días en que le tocó vivir.