San Agustín fue adquiriendo poco a poco una visión más profunda de la unidad y la distinción en Cristo. Su formación cristológica es muy afín a la antioquena. Durante su estancia en Milán había conocido la doctrina arriana y la apolinarista. Pero Agustín sostuvo firmemente la integralidad de la naturaleza humana de Cristo, aunque le costó justificar la plena transcendencia de su persona frente a todas las interpretaciones de la misma, la de los maniqueos, por ejemplo, a cuya secta había pertenecido. En su madura obra De Trinitate encontramos la fórmula de la distinción entre naturaleza y persona: Naturaleza es algo que se tiene en común. Persona es algo singular e individual. Y en otra ocasión, esta otra fórmula cristológica de largo futuro: Una sola persona que consta de dos sustancias: una sola persona en ambas naturalezas.
En su célebre carta a Volusiano, la comparación antropológica es el punto de partida para la solución del problema cristológico. El foso que hay que salvar en la unión de alma y cuerpo es mayor que en la unión de Dios y hombre. En Cristo el cuerpo se une a la divinidad «anima mediante». Tenemos, pues, en Cristo el caso más facil de la unión de dos seres racionales: la divinidad y el alma.
Pero Agustín no va más allá de la idea de una unión de naturalezas. Sólo de esa unión surge como resultado una persona. El obispo de Hipona entiende esta unidad desde presupuestos neoplatónicos, desde la consustancialidad entre la divinidad y el alma humana, una unión sin mezcla. El alma no es sólo un verdadero factor teológico. sino que funge un papel de mediación. Es un escudo protector entre le divinidad y la carne, quedando la majestad del Verbo alejada de la debilidad del cuerpo humano.
El santo africano habla también de la unión de Cristo con la Iglesia y de la boda mística entre el Verbo y la humanidad en el seno de María como cámara nupcial. Y emplea la bella pero vaga expresión del Christus totus para atribuir al totus Christus aquello que no quiere enunciar del Jesus terreno. Lo que no invalida, ni mucho menos, su encarnación histórica.