Tanto Anaxágoras como Demócrito, geniales autores, respectivamente, de las teorías de las homeomerías y de los átomos como elementos primordiales (arjé) de la naturaleza, fueron considerados como ateos. Ateísmo en aquel tiempo era rechazar la religión de la polis. El primero de los dos tuvo que huir de Atenas, a pesar de su amistad con Pericles. Al problema ulterior del principio último de los elementos primordiales, la corriente filosófica espiritualista (con Sócrates y Platón como cabezas de serie) le dio una respuesta positiva, mientras la escuela atomista-materislista se la dio negativa. El materialismo atomista no advirtió que este nuevo problema, claramente filosófico, exigía un método distinto del utilizado para tratar el anterior. Un atomista decididamente ateo como Lucrecio Caro deducía más tarde cómodamente de las observaciones naturales la eternidad y la absolutidad de la materia, propiedades que no son precisamente sensibles. El materialismo, que con nombre de positivismo nació dieciocho siglos después, repitió el mismo error fundamental, a pesar de muchos años de estudios sobre el método.
